En el año 2003, Leo y Lulu Calva bajo la cobertura de la agencia misionera WorldVenture (anteriormente Bautistas Conservadores Internacionales), iniciaron su travesía de establecer iglesias evangélicas en el Sur de Ecuador, Loja. Semilla de Mostaza inició el 8 de Febrero del 2004, este grupo tuvo su inicio en el barrio Las Peñas, y el primer domingo del año en mención la naciente congregación rentó cada domingo el teatro del colegio Beatriz Cueva de Ayora, ese año la iglesia fue constituida con ancianos, diáconos y lideres en diferentes ministerios. Las dificultades de ese año fueron por la logística semanal de clases para escuela dominical y bodegaje del equipo de amplificación.
En el año 2005, Semilla de Mostaza se cambio a un nuevo local en el centro de la ciudad de Loja, el edificio Novillo-Neira, la congregación creció ganando presencia en la comunidad. En 2006, la iglesia recibió su aprobación legal de parte del gobierno de Ecuador como Ministerios Semilla de Mostaza, al siguiente año la iglesia nuevamente cambió de domicilio a la plazoleta 1ro de Mayo. Desde este lugar la congregación levantó fondos, y con un préstamo y donación desde la agencia misionera en Brasil pudo adquirir una propiedad. La propiedad esta en el barrio Yaguarcuna al Sur Este de la ciudad. En 2009, aun con la construcción del templo en obra gris la congregación se cambió a su nuevo lugar de adoración.  Desde éste lugar funciona como base para la plantación de otras iglesias.
Actualmente existen 18 puntos de predicación bajo la cobertura de Ministerios Semilla de Mostaza, la mayoría de ellos en el Sur de Ecuador.